(N/A) हार्डी-वेनबर्ग संतुलन को प्रभावित करने वाले पाँच कारक ज्ञात हैं। ये जीन प्रवासन या जीन प्रवाह, आनुवंशिक विचलन (genetic drift), उत्परिवर्तन, आनुवंशिक पुनर्संयोजन और प्राकृतिक चयन हैं।
जब जनसंख्या का एक हिस्सा किसी अन्य स्थान पर प्रवास करता है, तो मूल जनसंख्या और नई जनसंख्या दोनों में जीन आवृत्तियों में परिवर्तन होता है। नए जीन/एलील नई जनसंख्या में जुड़ जाते हैं और पुरानी जनसंख्या से कम हो जाते हैं। यदि यह जीन प्रवासन बार-बार होता है, तो इसे जीन प्रवाह कहा जाता है।
यदि यही परिवर्तन संयोगवश (chance) होते हैं, तो इसे आनुवंशिक विचलन कहा जाता है। कभी-कभी नई जनसंख्या में एलील आवृत्ति में इतना बड़ा परिवर्तन होता है कि वे एक अलग प्रजाति के रूप में विकसित हो जाते हैं। मूल विचलित जनसंख्या संस्थापक बन जाती है और इस प्रभाव को $founder effect$ (संस्थापक प्रभाव) कहा जाता है।