वायवीय श्वसन की उन महत्वपूर्ण घटनाओं का उल्लेख कीजिए जो माइटोकॉन्ड्रिया के मैट्रिक्स में होती हैं और साथ ही उस घटना का भी उल्लेख कीजिए जो माइटोकॉन्ड्रिया की आंतरिक झिल्ली में होती है।

(N/A) माइटोकॉन्ड्रियल मैट्रिक्स में होने वाली घटनाओं में ट्राइकार्बोक्सिलिक एसिड $(TCA)$ चक्र (क्रेब्स चक्र) शामिल है। यह चक्र एसिटाइल समूह $(2C)$ के ऑक्सालोएसेटिक एसिड ($OAA$,$4C$) और पानी के साथ संघनन से शुरू होता है,जिससे साइट्रिक एसिड $(6C)$ बनता है। यह प्रतिक्रिया साइट्रेट सिंथेज़ एंजाइम द्वारा उत्प्रेरित होती है।
इसके बाद,साइट्रिक एसिड का आइसोसाइट्रेट में समावयवीकरण (isomerization) होता है,जिसके बाद डीकार्बोक्सिलेशन के दो क्रमिक चरण होते हैं,जिससे $\alpha$-कीटोग्लूटेरिक एसिड और फिर सक्सिनिल-$CoA$ बनता है।
चक्र को पूरा करने के लिए सक्सिनिल-$CoA$ को $OAA$ में ऑक्सीकृत किया जाता है। इस प्रक्रिया के दौरान,सबस्ट्रेट-लेवल फॉस्फोराइलेशन के माध्यम से $GTP$ संश्लेषित होता है,जिसे बाद में $ATP$ में परिवर्तित कर दिया जाता है। इसके अतिरिक्त,तीन बिंदुओं पर $NAD^{+}$ का $NADH + H^{+}$ में और एक बिंदु पर $FAD^{+}$ का $FADH_{2}$ में अपचयन (reduction) होता है।
माइटोकॉन्ड्रिया की आंतरिक झिल्ली में होने वाली घटना इलेक्ट्रॉन ट्रांसपोर्ट सिस्टम $(ETS)$ है। इस प्रक्रिया में,$NADH$ और $FADH_{2}$ (जो मैट्रिक्स में उत्पन्न होते हैं) से इलेक्ट्रॉन परिसरों ($Complex-I$ से $IV$) की एक श्रृंखला से गुजरते हैं।
जैसे-जैसे इलेक्ट्रॉन $ETS$ से गुजरते हैं,प्रोटॉन $(H^{+})$ को इंटरमेम्ब्रेन स्पेस में पंप किया जाता है,जिससे एक प्रोटॉन प्रवणता (gradient) बनती है। यह प्रवणता $ATP$ सिंथेज़ $(Complex-V)$ को संचालित करती है,जो प्रोटॉन के मैट्रिक्स में वापस आने पर $ADP$ और अकार्बनिक फॉस्फेट $(\Pi)$ से $ATP$ का संश्लेषण करता है। ऑक्सीजन अंतिम इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में कार्य करती है,जो इलेक्ट्रॉन और प्रोटॉन के साथ मिलकर पानी बनाती है।