(N/A) આ પદ્ધતિઓમાં બે મુખ્ય અભિગમોનો સમાવેશ થાય છે:
$1$. એક્સપ્રેસ્ડ સિક્વન્સ ટેગ્સ $(ESTs)$: આ અભિગમ એવા તમામ જનીનોને ઓળખવા પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે જે $RNA$ તરીકે વ્યક્ત થાય છે.
$2$. સિક્વન્સ એનોટેશન: આ અભિગમમાં સમગ્ર જીનોમનો ક્રમ નક્કી કરવાનો સમાવેશ થાય છે,જેમાં તમામ કોડિંગ અને નોન-કોડિંગ સિક્વન્સનો સમાવેશ થાય છે,અને ત્યારબાદ સિક્વન્સના વિવિધ ભાગોને કાર્યો સોંપવામાં આવે છે.
સિક્વન્સિંગ માટે,કોષમાંથી કુલ $DNA$ અલગ કરવામાં આવે છે અને તેને પ્રમાણમાં નાના કદના રેન્ડમ ટુકડાઓમાં રૂપાંતરિત કરવામાં આવે છે અને વિશિષ્ટ વેક્ટર્સનો ઉપયોગ કરીને યોગ્ય યજમાનમાં ક્લોન કરવામાં આવે છે. ક્લોનિંગના પરિણામે દરેક $DNA$ ટુકડાનું એમ્પ્લીફિકેશન થાય છે જેથી તેને સરળતાથી સિક્વન્સ કરી શકાય. સામાન્ય રીતે વપરાતા યજમાન બેક્ટેરિયા અને યીસ્ટ હતા,અને વેક્ટર્સને $BAC$ (બેક્ટેરિયલ આર્ટિફિશિયલ ક્રોમોઝોમ્સ) અને $YAC$ (યીસ્ટ આર્ટિફિશિયલ ક્રોમોઝોમ્સ) કહેવામાં આવતા હતા.
આ ટુકડાઓને ઓટોમેટેડ $DNA$ સિક્વન્સરનો ઉપયોગ કરીને સિક્વન્સ કરવામાં આવ્યા હતા,જે ફ્રેડરિક સેન્જર દ્વારા વિકસિત પદ્ધતિના સિદ્ધાંત પર કામ કરતા હતા. આ સિક્વન્સને ત્યારબાદ તેમાં હાજર કેટલાક ઓવરલેપિંગ પ્રદેશોના આધારે ગોઠવવામાં આવ્યા હતા. આ સિક્વન્સનું સંરેખણ માનવીય રીતે શક્ય ન હોવાથી,વિશિષ્ટ કમ્પ્યુટર-આધારિત પ્રોગ્રામ્સ વિકસાવવામાં આવ્યા હતા. આ સિક્વન્સને ત્યારબાદ એનોટેટ કરવામાં આવ્યા હતા અને દરેક રંગસૂત્રને સોંપવામાં આવ્યા હતા. રંગસૂત્ર $1$ નો ક્રમ મે $2006$ માં પૂર્ણ થયો હતો (જે સિક્વન્સ થનાર $24$ માનવ રંગસૂત્રોમાં છેલ્લું હતું).
બીજું પડકારજનક કાર્ય જીનોમ પર આનુવંશિક અને ભૌતિક નકશાઓ સોંપવાનું હતું. આ માહિતી રિસ્ટ્રિક્શન એન્ડોન્યુક્લિએઝ રેકગ્નિશન સાઇટ્સના પોલીમોર્ફિઝમ અને માઇક્રોસેટેલાઇટ્સ તરીકે ઓળખાતી કેટલીક પુનરાવર્તિત $DNA$ સિક્વન્સનો ઉપયોગ કરીને તૈયાર કરવામાં આવી હતી.