(A) मॉर्गन ने लिंग-सहलग्न जीनों का अध्ययन करने के लिए ड्रोसोफिला (फलमक्खी) में कई द्विसंकर क्रॉस किए। ये क्रॉस मटर पर मेंडल द्वारा किए गए द्विसंकर क्रॉस के समान थे।
मॉर्गन ने पीले शरीर और सफेद आंखों वाली मादाओं का संकरण भूरे शरीर और लाल आंखों वाले नरों के साथ कराया और उनकी $F_1$ संतति का आपस में संकरण कराया।
उन्होंने देखा कि दो जीन एक-दूसरे से स्वतंत्र रूप से अपव्यूहित नहीं हुए और $F_2$ अनुपात $9:3:3:1$ (जो तब अपेक्षित होता है जब दो जीन स्वतंत्र होते हैं) से काफी अलग था।
मॉर्गन और उनके समूह को पता था कि जीन $X$ गुणसूत्र पर स्थित हैं। उन्होंने देखा कि जब एक द्विसंकर क्रॉस में दो जीन एक ही गुणसूत्र पर स्थित होते हैं,तो पैतृक जीन संयोजनों का अनुपात गैर-पैतृक प्रकार की तुलना में बहुत अधिक होता है।
मॉर्गन ने इसका कारण दो जीनों का भौतिक जुड़ाव या सहलग्नता (Linkage) बताया। उन्होंने गुणसूत्र पर जीनों के इस भौतिक जुड़ाव का वर्णन करने के लिए 'सहलग्नता' शब्द और गैर-पैतृक जीन संयोजनों के निर्माण का वर्णन करने के लिए 'पुनर्संयोजन' (Recombination) शब्द दिया।
मॉर्गन और उनके सहयोगियों ने यह भी पाया कि एक ही गुणसूत्र पर स्थित होने के बावजूद,कुछ जीन बहुत मजबूती से जुड़े थे (कम पुनर्संयोजन दिखाते थे) जबकि अन्य ढीले ढंग से जुड़े थे (अधिक पुनर्संयोजन दिखाते थे)।
उदाहरण के लिए,उन्होंने पाया कि सफेद और पीले जीन बहुत मजबूती से जुड़े थे और केवल $1.3\%$ पुनर्संयोजन दिखाते थे,जबकि सफेद और लघु पंख (miniature wing) जीन $37.2\%$ पुनर्संयोजन दिखाते थे,जो ढीले जुड़ाव को दर्शाता है।
मॉर्गन के छात्र,अल्फ्रेड स्टर्तेवांट ने एक ही गुणसूत्र पर जीन जोड़े के बीच पुनर्संयोजन की आवृत्ति का उपयोग जीनों के बीच की दूरी के माप के रूप में किया और गुणसूत्र पर उनकी स्थिति को 'मैप' किया।
आनुवंशिक मानचित्रों (genetic maps) का उपयोग अब पूरे जीनोम के अनुक्रमण में शुरुआती बिंदु के रूप में किया जाता है,जैसा कि मानव जीनोम परियोजना $(HGP)$ के मामले में किया गया था।