(N/A) સૂક્ષ્મજીવો કાર્બનિક ખેતીમાં મહત્વની ભૂમિકા ભજવે છે,જે રાસાયણિક ખાતરો અને જંતુનાશકોના ઉપયોગ વિના કરવામાં આવે છે.
જૈવિક ખાતરો એ જીવંત સજીવો છે જે જમીનની ફળદ્રુપતા વધારવામાં મદદ કરે છે. તેમાં ફાયદાકારક સૂક્ષ્મજીવોની પસંદગીનો સમાવેશ થાય છે જે વનસ્પતિના પોષક તત્વો પૂરા પાડીને છોડના વિકાસમાં સુધારો કરે છે.
જૈવિક ખાતરોને બીજ,મૂળ અથવા જમીનમાં ઉમેરવામાં આવે છે જેથી પોષક તત્વોની ઉપલબ્ધતા વધે અને જમીન કાર્બનિક પોષક તત્વોથી સમૃદ્ધ બને.
બેક્ટેરિયા અને સાયનોબેક્ટેરિયાની ઘણી જાતિઓ વાતાવરણીય નાઈટ્રોજનનું સ્થાપન કરવાની ક્ષમતા ધરાવે છે. $Rhizobium$ એ કઠોળ વર્ગની વનસ્પતિના મૂળની ગાંઠોમાં જોવા મળતા સહજીવી બેક્ટેરિયા છે. $Azospirillum$ અને $Azotobacter$ એ મુક્તજીવી નાઈટ્રોજન સ્થાપક બેક્ટેરિયા છે,જ્યારે $Anabaena$,$Nostoc$ અને $Oscillatoria$ એ નાઈટ્રોજન સ્થાપક સાયનોબેક્ટેરિયાના ઉદાહરણો છે.
સૂક્ષ્મજીવો જંતુનાશકોને નિયંત્રિત કરવા માટે જૈવ-જંતુનાશકો તરીકે પણ કામ કરી શકે છે. તેનું એક ઉદાહરણ $Bacillus$ $thuringiensis$ $(Bt)$ છે,જે એક ઝેરી દ્રવ્ય ઉત્પન્ન કરે છે જે જીવાતોને મારી નાખે છે. સૂકા બેક્ટેરિયલ બીજાણુઓને પાણીમાં ભેળવીને પાક પર છાંટવામાં આવે છે. જ્યારે ઈયળો આ પાકને ખાય છે,ત્યારે બીજાણુઓ તેમના આંતરડામાં પ્રવેશે છે,ઝેર મુક્ત કરે છે અને ઈયળોને મારી નાખે છે.
$Trichoderma$ એ મુક્તજીવી ફૂગ છે જે ઉચ્ચ કક્ષાની વનસ્પતિઓના મૂળમાં રહે છે અને તેમને વિવિધ રોગકારકોથી બચાવે છે. બેક્યુલોવાયરસનો ઉપયોગ પણ કીટકો અને અન્ય સંધિપાદો સામે જૈવિક નિયંત્રણ એજન્ટ તરીકે થાય છે.